Від маркера до геномної племінної цінності. «Навчальна вибіркова проба»

Як вже згадувалося, дуже велика кількість маркерів розміщена по всьому геному. В зв’язку з тим виходять з міркування, що поблизу  кожного гена, який впливає на вираження характеристики досліджуваного в рамках племінної роботи ознак, знаходиться як  мінімум один із протестованих  54.001 маркерів. Це означає, що маркер успадковується майже завжди разом з відповідним варіантом гена. Проблема в тому, що самі гени та їх вплив нам невідомі. Тому на початковому етапі для удосконалення технології оцінки племінної цінності тварини за допомогою її  генетичних маркерів необхідно враховувати  дані по продуктивності тварин попередніх поколінь.

Щоб визначити, який SNP, іншими словами який маркер, за яку ознаку відповідає, спочатку необхідно зрівняти зразки SNP з відомими і достовірними генетичними характеристиками ознаки «продуктивність» окремих тварин. Саме цими тваринами з відомою генетичною продуктивністю і являються бугаї-плідники, оцінені за якістю нащадків. Зрівнюючи зразки SNP с генетичним характеристиками продуктивності у цих бугаїв можливо визначити, який SNP і в якій степені на яку ознаку впливає. Таким чином і виводяться розрахункові формули геномної племінної цінності. Чим більше перевірених за якістю нащадків бугаїв використовується для виведення кінцевої формули, тим легше встановити причетність окремого SNP до визначення ознаки і ступінь його впливу на зміну цієї ознаки. Перевірені бугаї, генний матеріал яких використовується в процесі геномного аналізу, являються учасниками так званої  «навчальної вибіркової проби». Виведені на основі даних цих бугаїв геномні розрахункові формули використовуються в подальшому для розрахунків геномної племінної цінності інших (більш молодих) тварин, яких ще немає достовірної загальноприйнятої  інформації по племінній цінності.